Mägenwil ist eine ländliche Aargauer Gemeinde am Rande der Moränenlandschaft des Reusstalgletschers. Die Vielfalt von Gewerbe, Wohnraum, Verkehr, Landwirtschaft, Natur und Menschen lassen uns diesen Ort als "einzigartig" taxieren.
Die Einwohnergemeinde liegt im Schweizer Kanton Aargau. Sie gehört zum Bezirk Baden und liegt zwischen Mellingen und Lenzburg.

Das Dorf liegt im Süden des flachen Birrfelds an einer Endmoräne, die in der Würmeiszeit durch den Rückzug des Reussgletschers entstand und zahlreiche Findlinge aufweist. Das Birrfeld wiederum wird durch den steilen Nordabhang des Wagenrains begrenzt, einem lang gestreckten Hügelzug zwischen Reusstal und Bünztal. Im nördlichsten Abschnitt des Wagenrains befinden sich zahlreiche aufgegebene Steinbrüche, in denen früher Muschelkalk abgebaut wurde. Der Mägenwiler Muschelkalk entstand vor 21 bis 17 Millionen Jahren durch die Versteinerung von Muscheln und Schnecken; damals lag das Gebiet von Mägenwil an der Küste eines Meeres. Etwa einen Kilometer östlich des Dorfzentrums liegt der Ortsteil Eckwil, der vollständig mit Mägenwil zusammengewachsen ist.

Die Fläche des Gemeindegebiets beträgt 348 Hektaren, davon sind 111 Hektaren bewaldet und 113 Hektaren überbaut. Der höchste Punkt liegt auf 560 Metern am Meiengrün, der tiefste auf 409 Metern an der nördlichen Gemeindegrenze.

Nachbargemeinden sind Birrhard (Bezirk Brugg) im Norden, Wohlenschwil (ebenfalls Bezirk Baden) im Osten, Hägglingen (Bezirk Bremgarten) im Süden, Othmarsingen im Westen und Brunegg (beide Bezirk Lenzburg) im Nordwesten. Damit grenzt Mägenwil als einzige Aargauer Gemeinde an Gemeindegebiete in drei anderen Bezirken des Kantons.